Depuis 1986, date de la première étude pétroarchéologique des industries lithiques de la Caune de l'Arago (L. Wilson), des échantillons de roches susceptibles d'avoir été exploitées par les préhistoriques sont collectés et conservés dans les réserves archéologiques.
Depuis 1995, ce sont essentiellement les roches siliceuses régionales (silex, jaspe, lydienne, chaille) qui sont recherchées systématiquement dans le cadre d'études pétroarchéologiques et déposées dans la lithothèque sous forme d'échantillons. Ces roches sont localisées géographiquement et géologiquement et étudiées de manière à définir leur identité précise. Certaines bénéficient d'analyses pétrographiques en lame mince et d'analyses géochimiques.
Cette lithothèque sert de référence pour l'étude de l'origine des matières premières siliceuses des industries préhistoriques régionales. Cette collection non exhaustive est vouée à s'enrichir au fil des découvertes. Elle peut être consultée sur demande.